El hijo de un reputado paleontólogo y sus dos amigos, principales protagonistas de 'Dinosaur King' Max,
el hijo de un experto en Paleontología, descubre unas extrañas cartas de dinosaurios desperdigadas por todo el mundo. Tras recoger algunas de las tarjetas que el Dr. Z perdió durante sus viajes en el tiempo, el pequeño constata junto a sus amigos Rex y Zoe que las cartas pueden cobrar vida. Pequeños dinosaurios y gigantes criaturas jurásicas se convierten en las mascotas de los tres niños . Sin embargo, la diversión concluye cuando Gang-Alpha, una peligrosa organización, conoce la existencia de las cartas y decide hacerse con ellas para utilizarlas en oscuros fines.
Tras su llegada al instituto Raimon, Axel Blaze oculta un terrible secreto, se resiste a formar parte del plantel actual de jugadores del equipo de fútbol Inazuma Eleven, a pesar de los esfuerzos de Mark Evans, nieto de uno de los fundadores de este reputado club de fútbol. Un joven capitán en 'Inazuma Eleven', tendrá que evolver el prestigio a un legendario equipo de fútbol
Mientras la desmotivación de los jugadores y la profunda crisis del vestuario del Inazuma se acentúan, Mark prepara en solitario nuevas tácticas y técnicas hasta que recibe una propuesta que marcará el futuro del equipo: participar en una competición y si el equipo pierde, el Inazuma Eleven se disolverá definitivamente.