Cuando a la tripulación de la nave Enterprise le ordenan que regrese a casa, en la Tierra se enfrentan a una terrorífica fuerza que, aparentemente desde dentro, ha perpetrado un ataque a la cúpula de la Federación y todo lo que ésta representa, sumiendo a la flota en una profunda crisis. Para intentar solucionar el problema, y con un asunto personal que resolver, el capitán Kirk encabeza una incursión a un planeta en guerra para capturar a un hombre que es un arma de destrucción masiva.